Au début du 19^e siècle, un réveil spirituel éclate en Suisse romande. En 1817, des frères dissidents — c'est le nom qui leur est donné — se réunissent à Genève.

En 1822, est née l'assemblée du Brassus, établie sur des relations fraternelles avec l'assemblée du Bourg-de-Four à Genève, église indépendante de la Pélisserie.

Simultanément, dans les années 1820, des assemblées dissidentes de l'anglicanisme s'étaient formées en Angleterre. Sous l'influence d'un ancien prêtre anglican, John Nelson Darby (1800-1882), une scission se produisit en 1845 entre les « Frères étroits » — qui suivirent Darby — et les « Frères larges » qui se réclamaient de George Müller (1805-1898). J.N. Darby entreprit de nombreux voyages à travers l'Europe et des communautés apparurent en Allemagne (sous le nom de « Elberfelder Brüder ») et en France, surtout dans la vallée du Rhône, en Haute-Loire et dans le Sud-Ouest.

Darby séjourna en Suisse romande, dès 1837 à Genève puis en 1840 à Lausanne. Darby parvint à rassembler autour de lui ces protestants touchés par le « Réveil » du 19^e siècle et séparés des Églises nationales.

Son irruption dans le canton de Vaud a causé des troubles très importants dans la trentaine d'assemblées dissidentes existantes en 1832. En 1842, la division devint inévitable entre les assemblées darbystes et les dissidents.

En 1849, en pleine difficulté économique accompagnée de luttes religieuses, plusieurs familles des Bioux et du Brassus décidèrent de partir pour l'Amérique.

En 1907, un mouvement de dissidence apparaît à l'Abbaye suite à des divergences de doctrines et de théologies avec le pasteur de l'Église nationale. Finalement, en 1909, naquit une communauté nouvelle (environ 20 membres) qui se rattacha officiellement aux autres communautés dissidentes du canton.

L'assemblée du Brassus, en 1922, s'installe rue de la Gare 7.

Du côté de l'assemblée du Brassus, une importante collaboration avec le mouvement de Jeunesse pour Christ prend place, plus particulièrement au sein de la tente romande dressée au Brassus en 1948. Pour l'assemblée de l'Abbaye, elle s'installe, cette année-là, rue des Moulins 4. Ceci jusqu'en 1959, date à laquelle la maison est rachetée par la société de la laiterie de l'Abbaye.

En 1958, un groupe de catéchisme s'organise entre les assemblées de l'Abbaye et du Brassus. En 1960, un groupe de jeunes de l'assemblée de l'Abbaye voit le jour. Il est renforcé par quelques jeunes de l'assemblée darbyste (enfants Sordet) de Vers-Chez-Grosjean. Cette même année, suite à la vente du bâtiment de rencontre, l'assemblée de l'Abbaye est obligée de trouver un nouveau local ; ce sera à la place de la Tour 10.

En 1962, les communautés darbystes sont en crise. Une vive polémique s'engagea et sépara les assemblées de Suisse en deux camps : d'un côté, ceux qui restaient strictement fidèles à Darby (étroits) ; de l'autre, ceux qui préconisaient une attitude de douceur, dictée par l'amour fraternel, ouverte aux autres chrétiens (larges).

L'assemblée darbyste des Bioux n'échappa pas à la division. Scindée en deux, une nouvelle assemblée darbyste naquit à Vers-Chez-Grosjean, composée d'environ 40 membres. Un groupe de jeunes des communautés de l'Abbaye et des darbystes larges va naître. C'est là les prémices des relations futures. Pendant 10 ans, l'Assemblée évangélique élargie (darbystes larges) va se réunir dans la maison de M. et Mme Maxime et Ruth Rochat.

En 1993, l'assemblée du Brassus a pris l'initiative d'engager un nouveau pasteur. Elle approche l'assemblée de la Bombarde qui n'en avait jamais eu, dans l'idée de partager un nouveau pasteur ; celui-ci fut engagé (M. Roger Correvon) et plusieurs rencontres intercommunautaires ont lieu.

Le 21 juin 1995, suite à la volonté de fonctionner avec un pasteur sur un seul site et grâce à l'unité de doctrine, la décision est prise de réunir l'assemblée de la Bombarde (~100 membres) et celle du Brassus (~40 membres). Cette unification sera un facteur déclenchant pour la recherche des nouveaux locaux.

Le procès-verbal de l'assemblée constitutive de l'association de la Chapelle (41 membres), daté du 12 juin 1997, mentionne la création de cette entité juridique nous permettant l'achat et les réparations du bâtiment de la Chapelle. Les comptes 1997 étant encore effectués de manière séparée entre la Bombarde et le Brassus, ils seront regroupés en 1998 pour un montant à couvrir de 107 500.- en frais de fonctionnement.

La décision d'acheter la Chapelle est datée du 30 novembre 1997, soit : achat de la Chapelle, achat du terrain situé derrière la Chapelle, acceptation de la donation des places de parc et autorisation donnée au comité d'engager les travaux de transformation.

Après deux ans de travaux, son inauguration officielle est fixée au week-end des 6 et 7 novembre 1999.